自體免疫性疾病是由免疫系統無法將自身與非自身區別開來而導致的多種異質性慢性疾病，因此對人體自身組織產生了免疫反應。體育訓練在許多自身免疫性疾病中被認為是安全的，包括系統性紅斑狼瘡（SLE），類風濕性關節炎（RA），多發性硬化症（MS）和發炎性腸病（IBD）。在其中幾種自體免疫性疾病中，體育訓練甚至是治療方案的既定部分。通常，自體免疫性疾病患者的身體活動程度會低於一般人群。且參與體育活動較少的人群中，類風濕性關節炎（RA），多發性硬化症（MS），發炎性腸病（IBD）和牛皮癬的發病率也較高。自體免疫疾病生物學治療的進展已改善了其中許多患者的生活品質（QoL），但是自我可改變的生活方式在患者的幸福感和免疫系統功能中也起著重要作用。
體育訓練會調節免疫反應，其中T調節細胞增多，免疫球蛋白分泌減少，Th1/Th2平衡會向Th1細胞生成減少的方向轉移。此外，體育訓練會導致肌動蛋白（骨骼肌釋放的細胞因子）IL-6釋放，從而通過IL-10分泌和IL-1β抑制，以誘導抗發炎反應。體育活動的其他有益效果是改善情緒，減輕疲勞以及對認知和活動能力產生積極影響，尤其在多發性硬化症患者中。此外，體育訓練可改善系統性紅斑狼瘡（SLE），類風濕性關節炎（RA）患者的生活品質並減少心血管疾病合併症。
與一般人相比，神經肌肉疾病患者中普遍疲勞和心血管疾病更為普遍。一般而言，關於神經肌肉疾病，很少進行關於體育訓練的利弊作精心設計的研究。在包括多發性肌炎和皮肌炎在內的發炎性肌肉病變中，運動可增強有氧運動能力，改善肌肉功能並減少失能。據研究，患有發炎性多發神經病變患者在運動後的肌肉抵抗力，功能活動和生理適應性會明顯改善。此外，據研究患有第1型肩胛肱型肌肉失養症的患者可以減輕慢性疲勞。
關於與廣泛神經肌肉疾病有關運動的詳細回顧得出結論，定期運動訓練對神經肌肉疾病有益，無論是有氧/耐力訓練還是力量/阻力訓練。該回顧建議患者應與醫師建立訓練計劃，患有神經肌肉交界疾病和代謝性肌肉病變的患者，應結合力量訓練和次最大強度的有氧運動作交替天數的訓練（儘管目前尚不清楚這是基於什麼證據），旨在緩慢增加重複次數，並在有氧訓練中達到最大心率（220-age/min）的65％。
重症肌無力患者運動現有的研究範圍有限。儘管文獻中很少出現謹慎的觀察結果，但結論是絕大多數都讚成這一結論。像健康個體一樣，臨床上穩定的重症肌無力患者應該能夠從體育訓練中受益，我們建議一開始的合理計劃是遵循建議的健康成年人最低運動準則，即每週至少150分鐘進行中等強度的訓練。由於重症肌無力的性質可能會導致依賴或不依賴體育訓練的症狀波動，因此，如果症狀持續惡化，患者應始終聯繫其醫生，以尋求進一步治療的支持性意見。
重症肌無力的治療方法可能會對運動參與產生負面影響。例如進行胸腺切除術將需要進行胸骨切開術，手術後長達12週的癒合時間都會限制活動。Pyridostigmine等藥物的不良反應可能導致嚴重的心搏過緩，會限制運動耐力，它們還會引起胃腸道不適和機能亢進，以及過多的口腔和上呼吸道分泌物。在一篇文章中發現肺活量檢查裡的FEV1/FVC明顯降低，這反映了氣道有阻塞的情況，這可能導致他們容易疲勞。但是，不使用乙酰膽鹼酯酶抑制劑的患者，他們的運動耐力時間也會較短。皮質類固醇可能會限制峰值運動強度，它們還會引起近端肢體肌肉的肌肉病變，經常服用皮質類固醇的男性的睾固酮數值通常會降低，同時也會出現骨質疏鬆症。對睾固酮數值低的患者進行治療可能是合理的，但是需要考慮合成代謝類固醇的法規。
關於運動的建議通常也需要注意調整。會加劇症狀的危險因素包括: 在極端溫度下跑步和訓練；長時間運動且跑步超過24公里；上坡跑步；上樓梯活動；缺乏睡眠；壓力。可能需要調整運動時間以適應白天的涼爽時間，例如夏季的早晨或晚上。還應鼓勵運動員在能量高峰時進行訓練。這是特定於特定個體的時間，在此期間會感到相對充沛的精力。對於許多患有重症肌無力的患者而言，這些時間通常落在凌晨，但應進行調查並根據個人情況進行調整。
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